Доношењем Резолуције Савезне народне скупштине о образовању стручних кадрова (1960), уводи се на југословенским универзитетима, школске 1960/61. и 1961/62. године степенаста настава. Услед тога су на Вишој педагошкој школи у Новом Саду укинуте све наставне групе, а проширена је делатност Филозофског факултета. Школске 1961/62. године почеле су са радом у области природно-математичких наука нове студијске групе за физику, хемију, биологију и географију.

Природно-математичке дисциплине развијале су се и кадровски јачале у оквиру појединих факултета све до 1961. године. Да би се постигло најрационалније коришћење просторија, кадрова и опреме, како за наставу тако и за научно истраживачки рад. Године 1961. (1962.) године основани су Универзитетски заводи за физику и математику, за хемију и за биологију. Заводи су смештени на просторно различите начине. Завод за хемију смештен је у део једног павиљона Пољопривредног факултета, који је и иначе био намењен хемији, Завод за биологију смештен је у зграду бивше Више педагошке школе у улици ЈНА, а касније се сели на Петроварадниску тврђаву, у стару зграду Пољопривредног односно касније Технолошког факултета. За Завод за физику и математику гради се нова зграда у оквиру будућег универзитетског комплекса. Изградња је завршена 1963. године. Географија је смештена у зграду бивше Више педагошке школе у улици Светозара Марковића.

Јачањем група природно-математичких наука у оквиру Филозофског факултета, постепено су се стицали услови за оснивање приодно-математичког факултета.

Савет Филозофског факултета у Новом Саду донео је 22.5.1969. године одлуку да се од Природно-математичког смера Филозофског факултета у Новом Саду оснује Природно-математички факултет. Скупштина САПВ на заједничкој седници Покројинског већа и Просветно-културног већа, одржаној 9.7.1969. године дала је сагласност на Одлуку Филозофског факултета о оснивању Природно-математичког факултета у Новом Саду („Службени лист „САПВ“ број 17. од 10. јула 1969.) За в.д. декана одређен је др Слободан Глумац, а за првог декана изабран је проф. др Мирко Стојаковић. Први председник Факултетског савета који је управљао Факултетом био је др Бранислав Букуров.

Првог јануара 1976. године донета је одлука о припајању универзитетских завода Природно-математичком факултету и истовремено су образовали ООУР факултетских института за математику, биологију, физику, хемију и географију. У даљем процесу долази до интеграције научно-наставних области фундаменталних дисциплина са Технолошког, Медицинског и Пољопривредног факултета на нашим институтима.

Током 1989. године просторни развој Природно-математичког факултета се заокружује изградњом „Плаве зграде“ лоциране између Института за математику и физику и Института за биологију. У нови објект се усељавају Институт за хемију, Институт за географију и Деканат факултета.